Neu: Mikrobiom-Untersuchung mittels NGS - wir sehen alles

Die Mikrobiom-Analyse untersucht die Zusammensetzung der Bakterien im Darm eines Tieres. Sie hilft zu erkennen, ob das Gleichgewicht der Darmflora gestört ist (Dysbiose) – und ob eine gezielte Therapie nötig oder hilfreich ist.

Gerade bei chronischen Magen-Darm-Beschwerden, wiederkehrenden Durchfällen, Hautproblemen oder nach Antibiotikagaben kann die Analyse wichtige Hinweise auf den Zustand des Mikrobioms liefern.

Auch bei geplanter fäkaler Mikrobiota-Transplantation (FMT) ist sie entscheidend – sowohl zur Beurteilung der Dysbiose beim Empfänger als auch zur Auswahl eines geeigneten Spenders.

Unsere Mikrobiom-Untersuchung basiert auf Next-Generation-Sequenzierung (NGS).

Im Gegensatz zur quantitativen PCR, die nur gezielt nach bestimmten, bereits bekannten Bakterien sucht, erlaubt die NGS eine umfassende und präzise Analyse des gesamten Mikrobioms.

Dabei werden unter anderem folgende Informationen erhoben:

• Die gesamte bakterielle Zusammensetzung,
• relative Häufigkeit einzelner Bakterienarten und -gruppen,
• Diversitäts-Index wie der Shannon-Index (Vielfalt der Mikroorganismen) und
• Mikrobiom-Balance-Index (Biocontrol-eigener Index)

Die Ergebnisse sind dadurch nicht nur wissenschaftlich fundiert, sondern auch klinisch interpretierbar und therapeutisch nutzbar.

Der Shannon-Index ist ein Maß für die Artenvielfalt (Diversität) der Bakterien im Mikrobiom und deren gleichmäßiger Verteilung (Evenness).

Eine hohe Diversität wird meist mit einem gesunden Mikrobiom in Verbindung gebracht, eine niedrige kann auf eine Dysbiose hindeuten.

Der Mikrobiom-Balance-Index ist ein von Biocontrol entwickelter Index. Er kombiniert den Shannon-Index (also die Vielfalt) mit essenziellen Markerbakterien und weiteren signifikanten Bakterien. 

So entsteht eine praxisnahe Bewertung, die auf einen Blick zeigt, ob das Mikrobiom im Gleichgewicht ist – und ob gegebenenfalls therapeutischer Handlungsbedarf besteht: 

Der Mikrobiom-Balance-Index beurteilt den Schweregrad einer Dysbiose und gibt Auskunft, ob bei dem Patienten eine fäkale Mikrobiota-Transplantation (FMT, ugs. Kottransplantation) angeraten ist bzw. ob das untersuchte Tier als Spender geeignet ist.

Eine Therapie mit Prä- und Probiotika oder auch eine fäkale Mikrobiota-Transplantation (FMT, ugs. Kottransplantation) kann grundsätzlich auch ohne vorherige Mikrobiom-Analyse erfolgen. 

Allerdings bleibt die Behandlung dann unspezifisch („blind“), was den Behandlungserfolg beeinträchtigen, den Therapieaufwand erhöhen und die Behandlungsdauer verlängern kann.

Eine Analyse des intestinalen Mikrobioms liefert differenzierte Informationen über die bakterielle Zusammensetzung und Diversität im Darm. Sie ermöglicht die Diagnose einer Dysbiose und unterstützt die Entscheidungsfindung hinsichtlich gezielter therapeutischer Maßnahmen – beispielsweise dem Einsatz von Probiotika oder einer fäkalen Mikrobiota-Transplantation (FMT). Sie kann sowohl bei chronischen gastrointestinalen Erkrankungen als auch zur Therapieüberwachung oder zur Auswahl geeigneter FMT-Spender sinnvoll eingesetzt werden.

Eine FMT kann besonders dann angezeigt sein, wenn das Mikrobiom des Patienten deutlich aus dem Gleichgewicht geraten ist – zum Beispiel bei stark reduzierter Diversität oder dem Fehlen bestimmter Leitkeime wie Clostridium hiranonis.

In solchen Fällen bietet die FMT die Möglichkeit, das gestörte Mikrobiom schnell und umfassend zu regenerieren. Sie bringt eine Vielzahl funktionell relevanter, natürlicher Bakterien in den Darm ein – im Gegensatz zu vielen Probiotika, die meist nur wenige, teils nicht physiologische Stämme enthalten.

Auf diese Weise lassen sich regulatorische Prozesse im Darm – wie etwa der Gallensäurestoffwechsel oder die Immunmodulation – wirksam unterstützen, die Regulation des Mikrobioms deutlich beschleunigen und die Lebensqualität des Tieres nachhaltig verbessern.

Die Zusammensetzung des Spender-Mikrobioms hat maßgeblichen Einfluss auf den Therapieerfolg. Studien zeigen, dass ein „guter“ Spender – also ein Tier mit stabiler, eubiotischer Mikrobiota – die Wiederherstellung des Mikrobioms beim Empfänger deutlich fördern kann.

Ein ungetesteter Spender birgt dagegen Risiken:
• Übertragung potenziell pathogener Keime,
• unzureichende Diversität sowie
• unzureichende Menge an funktionellen Bakteriengruppen.

Durch die Mikrobiom-Analyse lässt sich die Qualität des Spenderkots objektiv bewerten. Sie ist damit eine wichtige Voraussetzung für eine sichere und wirksame FMT – sowohl für den Empfänger als auch im Hinblick auf die Auswahl geeigneter Spendertiere.

Die Next-Generation-Sequenzierung (NGS) ist eine moderne molekularbiologische Methode, mit der Millionen DNA-Abschnitte gleichzeitig analysiert werden können. Sie ermöglicht es, sämtliche im Mikrobiom vorhandenen Bakterien zu identifizieren – auch solche, die mit herkömmlichen Methoden schwer nachweisbar sind.

Im Unterschied zu klassischen Methoden wie der PCR erfasst NGS alle im Darm vorhandenen Bakterien, unabhängig davon, ob sie kultivierbar oder bekannt sind. So entsteht ein vollständiges, detailliertes Bild des Mikrobioms – inklusive Artenvielfalt, funktioneller Gruppen und individueller Besonderheiten.

NGS ist damit die Grundlage für eine präzise und klinisch relevante Mikrobiomdiagnostik.